Metode Pengujian DNA Umum Memiliki Tingkat Positif Palsu Yang Tinggi untuk Mutasi Langka, Studi Menemukan

Metode Pengujian DNA Umum Memiliki Tingkat Positif Palsu Yang Tinggi untuk Mutasi Langka, Studi Menemukan


Ilustrasi untuk artikel berjudul Metode Pengujian DNA Umum Memiliki Tingkat Positif Palsu yang Tinggi untuk Mutasi Langka, Studi Menemukan

Gambar: Mohamed Abdiwahab (Getty Images)

Pengujian DNA konsumen tetap menjadi industri yang berkembang pesat, tetapi penelitian baru yang dirilis Senin menunjukkan bahwa ia memiliki kelemahan mencolok dalam kekuatan prediktifnya. Temuan menunjukkan bahwa metode pengujian yang umum digunakan oleh banyak perusahaan sangat buruk dalam mengidentifikasi mutasi genetik langka dengan benar yang dapat meningkatkan kemungkinan masalah kesehatan seperti kanker. Akibatnya, banyak pengguna berisiko mengalami ketakutan kesehatan palsu.

Para peneliti di University of Exeter di Inggris meneliti metode pengujian yang mengandalkan polimorfisme nukleotida tunggal, atau SNP. SNP adalah variasi individu dari nukleotida tunggal (blok pembangun dasar DNA dan RNA) di sepanjang genom. Para ilmuwan telah mengembangkan chip yang dapat menguji banyak SNP sekaligus, yang biasanya digunakan perusahaan sebagai penanda untuk menentukan nenek moyang seseorang baru-baru ini serta kemungkinan mereka memiliki sifat tertentu atau mengembangkan penyakit tertentu.

Perubahan kecil ini adalah jenis variasi genetik paling umum yang dimiliki seseorang, dengan lebih dari 300 juta SNP ditemukan hingga saat ini. Tetapi beberapa SNP jauh lebih jarang daripada yang lain. Dan menurut penulis studi baru ini, yang diterbitkan Senin di BMJ, chip ini tidak terlalu panas dalam mengidentifikasi SNP yang lebih langka.

Para peneliti menganalisis data dari BioBank Inggris, sebuah proyek penelitian yang mengumpulkan informasi genetik dari lebih dari setengah juta penduduk dengan harapan dapat lebih memahami kesehatan masyarakat. Sekitar 50.000 peserta dalam proyek tersebut telah mendapatkan pengujian SNP dan seluruh urutan genom mereka, yang memungkinkan para peneliti untuk memiliki dasar untuk membandingkan keakuratan sebelumnya. Mereka juga membandingkan data dari Proyek Genom Pribadi, awalnya didirikan di Universitas Harvard, dari 21 sukarelawan yang menjalani pengujian SNP dan urutan genom mereka melalui perusahaan komersial.

Ketika datang untuk menemukan varian genetik yang sering muncul, chip tersebut melakukan pekerjaan yang baik, dengan akurasi lebih dari 99% ketika dicocokkan dengan data pengurutan. Tetapi semakin jarang SNP yang seharusnya mereka cari, semakin buruk kinerja mereka dalam mengonfirmasi bahwa SNP itu benar-benar ada. Untuk varian yang diperkirakan muncul di kurang dari satu dari setiap 100.000 orang (0,001%), rasio positif palsu rata-rata untuk pengujian ini adalah 84%, yang berarti bahwa itu mengidentifikasi dengan benar varian yang ada hanya 16% dari waktu. Dan pada 20 dari 21 sukarelawan dari Personal Genome Project, para peneliti menemukan setidaknya satu hasil positif palsu.

“Meskipun chip SNP sangat baik dalam mendeteksi varian gen yang umum, mereka tidak dirancang untuk menguji varian langka dan komunitas riset genetika juga tahu bahwa itu bukan alat yang tepat untuk tujuan ini,” penulis studi senior Caroline Wright, seorang ahli genetika dan profesor kedokteran genom di University of Exeter, kepada Gizmodo melalui email. Namun, menurut para peneliti, studi mereka adalah studi pertama yang mencoba memperkirakan kurangnya akurasi ini terhadap standar emas seluruh pengurutan genom.

Riset tim tidak memilih perusahaan tertentu. Tapi mereka bilang begitu telah melihat tren yang berkembang dari perusahaan yang menggunakan chip SNP ini untuk menguji mutasi langka yang menyebabkan penyakit, termasuk yang terkait dengan kanker payudara. Dan, tidak mengherankan, memang ada kasus laporan dari konsumen yang secara keliru percaya bahwa mereka ditakdirkan untuk mengidap kanker atau kelainan langka serius lainnya berdasarkan hasil mereka.

“Kami tidak melihat perusahaan tertentu, tetapi ini akan menjadi masalah yang perlu dipertimbangkan oleh sebagian besar perusahaan yang menawarkan pengujian DNA langsung ke konsumen, karena kebanyakan dari mereka menggunakan teknologi chip SNP,” rekan penulis Leigh Jackson, dosen kedokteran genom di Exeter, berkata di email.

Ada pengamanan yang dapat digunakan terhadap potensi positif palsu melibatkan varian langka, seperti memeriksa ulang hasil dengan tes yang lebih akurat. Tapi itu mudah pelanggan akhirnya tertipu jika mereka mengunggah data mereka kesitus pesta.

“Meskipun beberapa perusahaan genomik konsumen melakukan pengurutan untuk memvalidasi hasil penting sebelum merilisnya ke konsumen, sebagian besar konsumen juga mengunduh data chip SNP ‘mentah’ mereka untuk analisis sekunder, dan data mentah ini masih berisi hasil yang salah ini,” Jackson dicatat.

Lain penelitian telah menunjukkan SNP secara umum tidak begitu bagus dalam memprediksi kesehatan masa depan orang, bahkan ketika banyak penanda yang mungkin prediktif digabungkan menjadi satu skor risiko. Salah satu alasannya adalah karena sebagian besar masalah kesehatan lebih banyak dipengaruhi oleh daripada genetika kita. Jika tes berbasis SNP juga buruk dalam memprediksi jenis penyakit yang sering disebabkan oleh varian genetik langka, itu seharusnya semakin menenggelamkan nilainya sebagai peramal bagi kesehatan kita, setidaknya ketika digunakan oleh mereka.diri.

“Penelitian kami menunjukkan bahwa, di mana varian genetik langka terdeteksi, hasilnya lebih mungkin salah daripada benar, dan tidak ada tindakan klinis yang harus diambil tanpa hasil diverifikasi dengan cara lain, ”kata Jackson.

Toto SGP situs pengeluaran singapore terbaik